ハイドロボールを用いたハイドロカルチャーですが　これは発泡煉石である
ハイドロボール（欧州ではレカトン）を用いて底に穴の無い容器でも水を
溜め込んで栽培できるのが特徴の栽培方法です。
発泡石ですので空気を内包することが出来　根腐れを起こさないという
ものですが　水の停滞が栽培上の一番の問題になるので　水位を一定に
保つのでなく　水は一旦なくなるまで次の水を与えないのが肝要です。
ガラス容器であれば水が無くなったことも外からすぐに見えるのですが
陶器やプラ鉢だとわからないので水位計を差し込んでおいてなくなる状態かどうかを判断します。
さて　カビの件ですが　普通であればカビは発生しません
カビは適当な湿潤状態が2.5時間以上連続して初めて発生増殖します。
おっしゃられるカビの発生位置ですが　表面上が白い場合はこれはカビ
ではありません。肥料液または水に含まれる Ca、Mgなどを成分とする塩分です。
濡れていた石の表面が乾くと水分が飛んで内容物のそういった塩分が表面に浮いてきます。（こびりついた感じ）
これは石をゴシゴシ洗って取るしかありません。
根にカビが生えるって殆ど聞いたことがありませんが　低滞水があれば
ありうるかもしれません　其の場合は水を切って乾燥させるのがいいのですが絶対萎れ点を超えてはならずちょっと難しいので　殺菌剤を使用しなけれ
ばですが　これも葉に散布でなく根になので注意が必要です。
オキシドール（過酸化水素水）やアルコールで先に試すほうがいいと思います