確かに不要な企業もたくさんありますが、普通にありえます。
身元保証人に関する書類に実印で捺印するのも、印鑑登録証明書を提出するのも大きな会社ほど良く聞く話です。
特に高額な商品を扱う会社や金融系に多いと聞きますが、最近では中小や業種に問わずたまに聞きます。
印鑑登録証明書を提出するのは、身元保証人の書類が確かに身元保証人が記入したのかを確かめる証明のためであって、印鑑登録証明書だけあっても実印そのものとセットじゃなければ悪用される事はまず無いです。
というか悪用しようがありません。二つセットで初めて実印としての効力を持つので。
実印登録は大体実印用に作った手彫りのお高めの印鑑を登録するので、実物も無しに複製はできません。
提出した書類が返却不可なのも普通です。
そんな事で大手企業の内定を蹴るとはかなりもったいないと思いますが...