すうさん

まず、飛行機の性能上、物理的な限界は存在します。
現在の旅客機では、最高で高度10000メートル（10km）が限界です。
軍用機にはもう少し高々度を飛行できる機体もあるようですが、12000〜13000メートル程度と思います。

次に、地上に道路が存在し交通ルールがあるように、空にも空路が存在し同じように“ルール”があります。
好き勝手に飛ぶことはできません。
道路と違うのは、道路の場合は“基本的に”平面に広がるので上下に道が重なることはないですが、空路の場合、同じルートに高度の違う“道”が複数重なり合って存在します。
そのうち一番高々度の空路が“法規的な”制限と言えるでしょう。
航空法規はさっぱり分かりませんが、今までの経験からは高度３万フィート（約9000メートル）が旅客機の一番上の空路だと思います。

「高度による差」は当然あります。
一番大きいのは、空気の濃度による差。
これは、飛行機の最高速度、燃費に影響します。
低高度（空気が濃い）では空気抵抗が大きいため、最高速は伸びず燃費も悪化します。
対して高々度（空気が薄い）では空気抵抗は少ないので、最高速は伸び燃費も良くなります。
他には、空気の対流による影響や気流の影響も各高度で違ってきます。
これらは主に“乗り心地”に大きな影響をもたらします。