ひろさん　国税の還付申告に係る税額の還付は、個人課税・管理両部門による審査を経た後に行われることになってますので、場合によっては遅れることがあります。期限後申告では所得控除が出来ないという話は聞いたことがないので、そのうち還付されるはずですが、給与所得者は通常扶養控除は年末調整で精算されてます。いずれにせよ所轄税務署の個人課税部門に申告書の控えを持って行って確認する必要があります。こういう場合は私なら直ぐ問い合わせます。すぐ答えが出るでしょう。