BITEさん

まず、原付が破壊されていれば、その原状回復費用は全額請求して構いません。
つまり、盗まれる直前の状態に戻す費用ですね。

それから、原付を盗まれている間に出費した交通費等も当然請求できます。
捜索に要した費用も、本来必要のない出費ですから請求して構わないと思います。

後残るのは、あなた自身の精神的苦痛に対する“慰謝料”ですが、これには“目安”はあっても“決まり”はありません。
どうしても“目安”が知りたければ、判例を検索するか、専門家（弁護士）に相談しましょう。
でも「示談」の場合は双方の当事者が納得すればなにも問題ないですから、あなたの“心づもり次第”でしょう。

私の身近で同じ様な事例が起こった時には、金銭的要求はナシで盗難バイクを引き取らせて、新車を買ってもらうことで「示談」した例が数例あります。数年落ちの中型バイクです。

盗まれてしまった原付の“時価”にもよりますが、新車交換＋数万円の“迷惑料”で話をしてはいかがですか？
捜索に多大な労力を費やしていたら、さらに高額の迷惑料も“有り”です。