BITEさん

まず、原付が破壊されていれば、その原状回復費用は全額請求して構いません。
つまり、盗まれる直前の状態に戻す費用ですね。

それから、原付を盗まれている間に出費した交通費等も当然請求できます。
捜索に要した費用も、本来必要のない出費ですから請求して構わないと思います。

後残るのは、あなた自身の精神的苦痛に対する“慰謝料”ですが、これには“目安”はあっても“決まり”はありません。
どうしても“目安”が知りたければ、判例を検索するか、専門家（弁護士）に相談しましょう。
でも「示談」の場合は双方の当事者が納得すればなにも問題ないですから、あなたの“心づもり次第”でしょう。

私の身近で同じ様な事例が起こった時には、金銭的要求はナシで盗難バイクを引き取らせて、新車を買ってもらうことで「示談」した例が数例あります。数年落ちの中型バイクです。

盗まれてしまった原付の“時価”にもよりますが、新車交換＋数万円の“迷惑料”で話をしてはいかがですか？
捜索に多大な労力を費やしていたら、さらに高額の迷惑料も“有り”です。

BITEさん

とれるだけ取りましょう．
だって，相手は犯罪者ですよ
盗んでおいて，罪が問われないんだから有難く思われても恨まれる筋合いなしです．