一年も前の投稿なので、もう解決したかもしれませんが…
基本は、スネアやティンパニの叩き方と同じですよ。小さい音を出したいなら低い位置からバチを落とすとか、端のほうを叩くとか。
あと、ボンゴ自身のチューニングにも気を配ってください。チューニングが低いといい音が出ませんからね。
最近は動画でプロの演奏が容易に聴けますので、ボンゴのいろんな演奏を聴いて、気に入ったボンゴの音を見つけたら、その音になるようボンゴをチューニングしなおしてみてはどうでしょうか。

あと、調べても出てこないことは、ぜひ試行錯誤しましょう。
自分でああでもないこうでもないといろいろ試してみるのも、打楽器の楽しみ方の一つです。曲によっても最適な音は変わりますので、結局は自分でいろいろ試してみるしかないのではないかと思います。
頑張ってください。